O Lorde Demônio da Tirania, Arnos, destruiu humanos, espíritos e até mesmo deuses, mas, ao ficar cansado da guerra sem fim, ele sonha com um mundo pacífico em que possa reencarnar. Contudo, infelizmente, 2000 anos no futuro, os seus descendentes tornaram-se fracos graças aos anos de paz, fazendo com que a magia decaísse.

Arnos entra para uma “Academia de Lorde Demônio” dedicada a encontrá-lo: a reencarnação do Lorde Demônio Fundador, mas a academia falha em reconhecer sua força, o rotulando como “desqualificado”.

Em meio aqueles que o subestimaram, em conjunto com a sua única aliada, Misha, o Lorde Demônio desqualificado como Lorde Demônio irá ascender na hierarquia dos seres demoníacos!

A vizinha de Fujimiya é a Anja adorável número 1 da escola: excelente e com um nível de beleza que só pode ser descrito como angelical — Shiina Mahiru. Amane, um aluno comum que não se destaca, e sua vizinha até agora não se relacionavam. Depois de se encontrar com a Anja encharcada na chuva, ele deu seu único guarda-chuva e pegou um resfriado, por isso Amane só espera que ela o devolva. Porém — Shiina Mahiru — a "anja" da escola, dá a ele muito mais do que isso. Em vez de apenas o guarda-chuva, ela insiste em retribuir o favor.

Hoshino Kazuki valoriza seu cotidiano acima de tudo. Passa os dias despreocupados com seus amigos na escola, até que a súbita chegada da estudante transferida, Otonashi Aya, quebra a paz e faz uma declaração dramática:

— Estou aqui para quebrar você. Esta é a minha transferência nº 13.118, já perdi minha paciência após tantas iterações. Então, para mudar o ritmo, vou declarar guerra neste momento.

E com essas palavras enigmáticas, os dias normais que Kazuki tanto amam se tornam um ciclo de agitação e medo – após o súbito aparecimento de Aya desenrolam-se mistérios ocultos que cercam os amigos aparentemente normais de Kazuki, incluindo a descoberta das misteriosas “caixas”.

No ano de 2046, a neuro-sincronização, um sistema tecnológico que permite humanos a manipular seus cinco sentidos, já está tão difundida ao ponto onde pessoas possam acessar a internet e entrar em mundos virtuais através de um despositivo conhecido como Neuro-Linker.

Haruyuki é um menino baixo e gordo que tem baixa auto-estima devido ao constante bullying. Um dia, Haru atrai a atenção da vice-presidente do Conselho Estudantil "Kuroyukihime", que oferece para ele o Brain Burst, um programa secreto que permite uma pessoa fazer o tempo parecer parado aos seus arredores por "acelerar" suas ondas cerebrais no mundo real. Infelizmente, há um limite de quantas vezes uma pessoa pode "acelerar" já que isso custa Burst Points, e o jeito principal de conseguir mais pontos é combater e derrotar outros usuários do Brain Burst.

Escola Koudo Ikusei, uma escola de prestígio com instalações de arte onde quase 100% dos alunos vão para a faculdade ou encontram emprego. Os alunos têm a liberdade de usar qualquer penteado e levar todos os itens pessoais que quiserem. A Escola Koudo Ikusei é um paraíso, mas a verdade é que apenas os melhores alunos recebem um tratamento favorável.

O protagonista, Kiyotaka Ayanokouji, é um estudante da Classe D, que é onde a escola descarta os estudantes "inferiores", a fim de ridicularização. Por alguma razão, Kiyotaka estava despreocupado em seu exame de entrada, e foi colocado na Classe D. Após o encontro com Suzune Horikita e Kikyou, outras duas estudantes da sua turma, a situação dele começa a mudar.

Apenas uma garota pura pode fazer contratos com espíritos. Na Academia Espiritual Areishia, filhas dos nobres são reunidas para aprender como se tornar elementalistas. Um garoto chamado Kamito viu uma aluna, Claire, enquanto ela tomava banho e, acidentalmente, acaba fazendo um contrato com o espírito do qual Claire estava atrás. Agora, Kamito se tornou algo considerado impossível nesse mundo: um elementalista espiritual homem.

Sorata Kanda, um estudante amigável matriculado na Universidade de Artes Suimei, é despejado dos dormitórios estudantis por adotar um gato de rua. Tendo sua bondade contra ele, ele acaba se mudando para o "Sakurasou", onde conhece seus moradores - um elenco de prodígios artísticos excêntricos. Ele acaba adotando ainda mais gatos lá. Além de ser mediano entre os gênios, Sorata está determinado a encontrar novos donos para esses gatos e deixar o Sakurasou para sempre.

Pouco depois de se mudar, sua vida fica ainda mais confusa quando ele é encarregado de cuidar de Shiina Mashiro, uma nova estudante transferida e aspirante à mangaká. Apesar de ser uma artista mundialmente famosa, ela não tem senso comum e é totalmente incapaz de cuidar de si mesma. Com o apoio de seus colegas do Sakurasou, Sorata e Mashiro se aproximam cada vez mais à medida que a história se desenvolve. Ele está buscando algo que goste fazer, e tentando encontrar seu verdadeiro objetivo na vida.

Yuzaki Shino, uma das garotas mais bonitas da escola, é colega de classe de Fujiwara Sandai sentada atrás dele.  Foi por capricho que Sandai a ajudou, apesar de passar os dias estudando e não ter um único amigo.  Era suposto ser-

"Eu mal podia esperar depois da escola! ...Ei, espere um minuto?"

Esse dia e momento levaram Sandai a começar a namorar Shino.  Eles passam algum tempo juntos depois da escola, acompanham os hobbies um do outro e ficam na casa com frequência... Ela é gentil e sempre se apega a ele.  E de alguma forma, os outros colegas começaram a prestar atenção em Sandai, aos poucos mudando seu estilo de aparência, e houve muita conversa em torno de seu cinto.

Ele está mais inquieto do que quando Sandai estava sozinho antes.  ...Bem, esse tipo de vida escolar não é tão ruim, não é?

Um dia, uma garota, como aquela que você ouviria em uma história – Charlotte Bennett entrou como aluna transferida na turma de Akihito Aoyagi. Testemunhando seu temperamento elegante e sua aparência fofa que poderia cativar qualquer pessoa, Akihito se apaixonou por ela à primeira vista. Pensando nela como uma existência além de seu alcance, ele desistiu sem sequer se aproximar dela.
No entanto, depois de salvar, sem saber, a irmã mais nova de Charlotte, que acabou perdida, as duas irmãs Bennett começaram a ir à casa de Akihito para passar um tempo com ele todos os dias.

Masachika Kuze senta-se ao lado de Alya Mikhailovna Kujou, uma garota de ascendência russa e japonesa. Ela é bonita, inteligente e uma aluna excepcional em diversas áreas, enquanto Masachika é um nerd e conhecido por ser preguiçoso. Ele é um alvo fácil para seus, aparentemente, ríspidos comentários em russo, que a deixa muito feliz por ninguém conseguir traduzir… exceto por Masachika que consegue entender o que ela realmente está dizendo!